蜂胶有广谱抗菌作用，因此有人将蜂胶与抗生素联系在一起，怕长期服用引起肠道菌群失调。实事上，蜂胶与人工合成的抗生素不同，抗生素具有固定的分子结构。细菌可以产生一种灭活酶，使抗生素失去活性或改变自身结构而产生抗药性。而且细菌可将耐药基因遗传，产生新的变种，导致耐药性的蔓延。如果抗生素大剂量连续使用可导致肠道内的有益菌被抑制、杀死，引起肠内菌群失调及二重感染等不良后果。而蜂胶是纯天然产物，其组成非常复杂和巧妙，细菌不易产生耐药性，而且作用温和，安全性高，经反复动物试验和临床应用，至今未发现引起肠内微生态平衡失调的报告。